Beslutet ska enligt det ryska försvarsdepartementet gälla från och med midnatt, natten till torsdagen lokal tid.
Vidare uppger departementet att "flaggstaterna för dessa fartyg kommer att anses vara part i den ukrainska konflikten på Kievregimens sida".
Beskedet kommer efter att Ryssland beslutat att inte förlänga spannmålsavtalet mellan Ryssland och Ukraina som löpte ut i måndags.
Efter det ryska beslutet i måndags meddelade Ukraina att man är redo att fortsätta exportera spannmål utan Ryssland.
President Volodymyr Zelenskyjs rådgivare Mychajlo Podoljak har också uppgett att Kiev överväger en gemensam militärpatrull bland Svartahavsländerna.
"Väljer att eskalera konflikten"
I tisdags varnade Kreml för "riskerna" med att etablera rutter på Svarta havet utan Rysslands deltagande.
Onsdagens ryska uttalande säger också att "vissa områden i de nordvästra och sydöstra delarna av de internationella vattnen i Svarta havet har förklarats tillfälligt farliga för passage."
Det ryska beskedet syftar till att effektivt sätta Ukraina i blockad efter att Ryssland dragit sig ur spannmålsavtalet, enligt Joakim Paasikivi, överstelöjtnant och lärare i militärstrategi på Försvarshögskolan.
– Det som är anmärkningsvärt i uttalandet är att man menar att alla (som trafikerar de aktuella hamnarna) skulle vara på Ukrainas sida. Det är följdriktigt för den ryska aggressionen.
Utspelet kan ses som en upptrappning och ett tecken på att man väljer att eskalera konflikten, bedömer Paasikivi.
– De har inte haft möjlighet att göra något åt stödet till Ukraina, men i det här fallet har man en större möjlighet att ha en blockad till havs. Det blir en påtaglig risk om Turkiet eller något annat land skulle eskortera fartyg till Ukraina.
"Hög insats"
Det Ryssland vill åt är själva sjöfarten, att inte rederierna och försäkringsbolagen ska vilja trafikera Ukraina, tillägger han.
Ryssland har hittills aktat sig noga för att utöka konflikten, dels av vetskap för att man skulle förlora, dels av risken för ett kärnvapenkrig.
– Här spelar man med hög insats, säger Joakim Paasikivi.
Den nu brutna överenskommelsen om spannmålsexport från Ukraina förhandlades fram med hjälp av Turkiet och FN förra sommaren och tillät Ukraina att exportera spannmål från tre ukrainska hamnar, Odessa, Juzjne och Tjornomorsk.