"Nätpublikationen The Moscow Times har spridit felaktig information om de beslut som fattats och den politik som förs av myndigheterna", skriver justitiedepartementet i ett uttalande som gavs ut på fredagen – den veckodag när departementet vanligen meddelar vad eller vem som ska agentmärkas.
The Moscow Times kommer ut i både en engelskspråkig och en rysk version. Efter att Ryssland inledde sitt anfallskrig mot Ukraina i februari förra året lämnade flera av tidningens anställda Ryssland.
Agentstämplingen, som påminner om termen "fiender till folket" från sovjettiden, innebär bland annat att individer eller grupper måste avslöja sina finansieringskällor.
Det tvingar också alla utpekade att märka sina publikationer – inklusive inlägg på sociala medier – med en "utländsk agent". Annars väntar stora böter.
Kreml har sedan det storskaliga kriget inleddes intensifierat sina ansträngningar att få bort oliktänkande – med resultatet att flertalet kritiker befinner sig i exil eller bakom galler.