"Statsöverhuvudena fokuserade på vikten av att stärka den kirgiziska republikens väpnade styrkor och utveckla de ryska militäranläggningar som finns på dess territorium", säger Kreml i ett uttalande.
Kirgizistan, där majoriteten av de knappt sju miljoner invånarna är muslimer, har en rysk militärbas i landet som består av ett flygfält samt flera flottanläggningar, däribland en på insjön Issyk-Kul.
Måndagens möte mellan den kirgiziska presidenten Sadyr Japarov och Rysslands ledare Vladimir Putin skedde inför firandet av segerdagen den 9 maj, där Japarov är ett av flera utländska statsöverhuvuden som kommer att närvara.
Ryssland och den forna Sovjetrepubliken Kirgizistan är sammanlänkade via den ryskledda militäralliansen ODKB (CSTO på engelska).