Beslutet kommer en dag efter att den ryske oppositionspolitikern Vladimir Kara-Murza dömdes till 25 år i en straffkoloni – strängast möjliga straff – för att ha uttalat sig om invasionen av Ukraina.
Ändringarna innebär bland annat att det strängaste straffet för högförräderi höjs från 20 års fängelse till livstid.
Sedan Ryssland inledde sitt anfallskrig mot Ukraina har ryska myndigheter intensifierat tillslagen mot oppositionsröster. Nästan alla av de främsta Kreml-motståndarna har antingen tvingats fly landet eller sitter fängslade.
Tilläggen höjer även straffet för terrorism och sabotage.
Duman beslutade också att göra det straffbart att "assistera och verkställa beslut av internationella organisationer där Ryssland inte deltar, eller av utländska statliga organ".
De nya brotten kommer efter att Internationella brottmålsdomstolen ICC i Haag i mars utfärdade en arresteringsorder mot Rysslands president Vladimir Putin.
Lagpaketet ska ännu godkännas av parlamentets överhus och få Putins underskrift innan det blir lag.