Bland de avstängda återfinns exempelvis människorättsorganisationerna Human Rights Watch (HRW) och Amnesty international.
HRW har haft verksamhet i Ryssland i 30 år, och Amnesty öppnade sitt ryska kontor 1993.
Beskedet kom från det ryska justitiedepartementet på fredagen.
Även tankesmedjan Carnegie Endowment for International Peace, som har sitt huvudkontor i USA, tvingas packa ihop och lämna Ryssland.
Samtliga 15 har tagits bort från det ryska registret av internationella organisationer och utländska frivilligorganisationer "på grund av överträdelser av den gällande ryska lagstiftningen", skriver justitiedepartementet i ett uttalande.
Rachel Denber, som är biträdande chef för HRW:s Europa- och Asienenhet, säger i en kommentar att det knappast råder något tvivel om att beskedet är ett svar på organisationernas rapportering om det ryska anfallskriget mot Ukraina.
"Den ryska regeringen hade redan gjort det väldigt tydligt att den inte har användning av fakta angående skyddet av civila i Ukraina. Det här är bara ytterligare ett litet bevis på det", säger hon i ett uttalande.
Tidigare under fredagen stod det klart att också den brittiska tankesmedjan Chatham House förts upp på svarta listan över "icke önskvärda" internationella organisationer.
I fallet med Chatham House, vars formella namn är Kungliga institutet för internationella frågor, sägs att den internationellt respekterade organisationen inte är önskvärd i Ryssland, eftersom den är ett "hot mot den nationella säkerheten".