Ursäkten framfördes under ett telefonsamtal mellan Putin och Israels premiärminister Naftali Bennett, enligt premiärministerns stab.
I Kremls version av samtalet, som ägde rum på torsdagen, nämns inte någon ursäkt.
Det var i en intervju med italiensk tv nyligen som Lavrov drog paralleller mellan Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj och Adolf Hitler.
Uttalandet fick skarp kritik, bland annat sade Israels utrikesminister Yair Lapid att det var oförlåtligt och fruktansvärt.
Israel har hittills varit avvaktande gällande kriget i Ukraina. Landet har inte deltagit i västländernas stora sanktionspaket eller skickat några vapen till Ukraina.
Under samtalet påstod Putin bland annat att civila fortfarande kunde få lämna stålverket Azovstal, enligt ett uttalande av Kreml. Han uppmanade också Kiev att beordra de stridande i stålverket att lägga ner vapnen.