Michel och von der Leyen träffar Erdogan den 6 april, meddelar Michels talesman Barend Leyts via Twitter.
Samtalen väntas bland annat handla om hur ett fortsatt samarbete på migrations- och flyktingområdet kan se ut.
– Sedan december har Turkiet visat en mer konstruktiv attityd, inklusive i sina bilaterala relationer med flera EU-länder. Det är positiva åtgärder som vi måste bygga på, sade von der Leyen på sin presskonferens efter förra veckans webbhållna EU-toppmöte i Bryssel.