"Jag välkomnar den snabba insatsen från spanska myndigheter för att ordna värdiga mottagningsförhållanden och effektiva procedurer för migranter och flyktingar och i dag ger vi det önskade ekonomiska stödet", säger EU:s inrikeskommissionär Ylva Johansson i ett uttalande.
Pengar ska bland annat används till att ordna skydd för ytterligare 7 000 personer i tillfälliga boenden på Gran Canaria, Teneriffa och Fuerteventura.
Kanarieöarna har i år tagit emot över 20 000 nyanlända flyktingar och migranter som söker sig till Europa.