Matematikern Jackson rekryterades till Nasas föregångare NACA 1951 och blev senare Nasas första svarta kvinnliga ingenjör och arbetade på den amerikanska rymdstyrelsen fram till 1985.
De sista åren på Nasa arbetade hon för att hjälpa kvinnor och minoriteter att ta sig uppåt inom Nasa och i karriären. Hon hade då enligt Nasa slutat som ingenjör när hon insett att glastaket för kvinnor var regel snarare än undantag inom organisationen.
"Mary accepterade aldrig ett status quo, hon hjälpte till att bryta barriärer och öppna upp för afroamerikaner och kvinnor inom ingenjörsvetenskapen och teknikvetenskapen", säger Bridenstine i ett uttalande.
"Aldrig mer dolda"
Jackson och hennes kollegor Dorothy Vaughan och Katherine Johnson blev kända över hela världen när deras historia berättades i boken och den Oscarsnominerade filmen "Hidden figures", på svenska "Dolda tillgångar".
"De ska aldrig mer vara dolda. Vi kommer att fortsätta hylla de bidrag kvinnor, svarta och folk från alla möjliga bakgrunder som har hjälpt till att förverkliga Nasas framgångsrika historia", säger Bridenstine.
Delar av gatan utanför högkvarteret döptes förra året om för att hedra dem. Nu kallas gatan Hidden Figures Way.
Jackson avled 2005. Hennes dotter Carolyn Lewis säger till Washington Post att familjen är hedrad över erkännandet.
– Hon var en ingenjör, humanist, hustru, mamma och banbrytare som visade vägen för tusentals andra, inte bara inom Nasa utom över hela USA, säger Lewis.
Kontrovers i Mississippi
Offentliggörandet av det nya namnet kommer efter veckor av protester mot rasism och orättvisor i det amerikanska samhället.
Nasa har fått kritik för att alla dess byggnader som namngetts har fått namn efter vita män, och tidigare i veckan hamnade en Nasabyggnad i Mississippi i fokus.
Det huset är döpt efter delstatens tidigare senator John C Stennis, som förespråkade segregering och bland annat 1964 röstade mot Civil rights act, lagen som förbjöd rasdiskriminering i USA, och på 1980-talet motsatte sig att Martin Luther Kings födelsedag skulle firas som helgdag i USA, vilket den sedan 1984 är den tredje måndagen i januari.