Anledningen är det ryska invasionskriget i Ukraina.
Beskedet lämnades på fredagen, efter ett möte med Cerns styrelse dagen innan.
"Gårdagens rådsbeslut bekräftar vårt starka fördömande" skriver Cerns generaldirektör Fabiola Gianotti, som dock håller dörren öppen för framtida samarbete med de två länderna om förutsättningar förändras.
Redan i mars avbröt Cern, med bas i Schweiz, tillfälligt samarbete med Ryssland på grund av angreppskriget. Cerns senaste beslut rör det mer formaliserade samarbetet. Kontrakten med de två länderna löper ut hösten och vintern 2024.
Cern, som är en förkortning av europeiska organisationen för nukleär forskning, har omkring 18 000 forskare kopplade till dess forskning. Omkring sju procent av forskarna uppges ha kopplingar till ryska institutioner.