Trafiken kunde komma i gång igen efter ett par timmar.
"Stängningen av luftrummet hävdes klockan 8.30" twittrar Skyguide, som ansvarar för flygledningen.
Det finns inga upplysningar om vilken typ av datorproblem som orsakade stoppet.
"Skyguide beklagar händelsen och de konsekvenser den får för kunder, partner och även passagerare på flygplatserna i Genève och Zürich", twittrade företaget under morgonen.