Detta måste diskuteras "via de vanliga kanalerna med alla ansvariga i det schweiziska styret", säger förbundskansler Olaf Scholz på en presskonferens i Berlin.
En sådan anläggning skulle bli en "tung börda" för samhällen på den tyska sidan gränsen, anser miljödepartementet i den tyska huvudstaden.
Liksom många kärnkraftsländer, däribland Sverige, har Schweiz i årtionden funderat på hur det farliga avfallet ska förvaras. Regeringen vill nu spika ett område vid Nördlich Lägern, bara några kilometer från sydvästra Tysklands gräns till Schweiz.
Frågan är dock inte helt löst i Schweiz heller, som brukligt i landet väntas den tas upp i en folkomröstning.
Både Schweiz och Tyskland har beslutat att successivt avveckla kärnkraften, av rädsla för teknikens faror efter Fukushima-katastrofen i Japan 2011.
I nuläget lagrar Schweiz avfallet från sina fyra reaktorer i en "tillfällig depå" i Würenlingen, ungefär 15 kilometer från gränsen till Tyskland.