Under andra världskriget införde diktatorn Jozef Tiso, tillika katolsk präst, antijudiska lagar och tillät deportationer till nazisternas gaskammare.
Över 100 000 slovakiska judar mördades i Förintelsen. På en minnesplats där ett judiskt bostadsområde en gång låg i huvudstaden Bratislava, tog den 84-årige påven till orda på måndagen:
– Här på denna plats vanärades Guds namn.
Jozef Tiso förvandlade Slovakien till en tysk lydstat och skickade judar till Hitlers förintelse- och koncentrationsläger.
– Vi medger med skam hur ofta hans osägbara namn han använts för obeskrivligt inhumana handlingar, sade påven.
Efter krigsslutet dömdes Jozef Tiso till döden för landsförräderi.
Tre dagar före påvens besök bad Slovakiens regering för första gången om ursäkt för Tiso-regimens illgärningar. De antijudiska lagarna antogs för 80 år sedan.
Påven, på sin första utlandsresa sedan han opererades i juli, uppmanade också Europas länder att visa "solidaritet" medan världen återhämtar sig ekonomiskt efter coronapandemin. Slovakien är ett av Europas hårdast virusdrabbade länder.