En företrädare för den ryska ambassaden har kallats upp till det slovakiska utrikesdepartementet.
Det som föranleder kritiken är uttalanden från en chef inom den ryska säkerhetstjänsten om att USA ska ha blandat sig i valrörelsen.
"Sådant avsiktligt spridande av desinformation från den ryska federationen utgör en otillåten inblandning i Slovakiens valprocess", heter det i uttalandet från departementet.
Den proryske tidigare premiärministern Robert Fico utropade sig till segrare i valet och på måndagen fick han formellt uppdrag från president Zuzana Caputova att bilda regering.
Ficos socialdemokratiska populistparti Smer behöver stöd av andra partier för att bilda en koalitionsregering.
Fico har under valrörelsen lovat att drastiskt strypa stödet till Ukraina.