Beskedet kommer mot bakgrund av en politisk kris som utlöstes i december i fjol, då oppositionen med knapp majoritet avsatte Hegers koalitionsregering genom en misstroendeomröstning i parlamentet.
Heger har sedan dess lett en övergångsregering som styrt landet i väntan på valet den 30 september. I veckan fördjupades emellertid krisen när jordbruksminister Samuel Vlcan tillkännagav sin avgång. Detta sedan det uppdagats att Vlcans företag fått ett statligt bidrag på motsvarande drygt 15 miljoner kronor.
Under fredagen meddelade utrikesminister Rastislav Kacer att även han hade för avsikt att lämna regeringen, dock utan att uppge varför.
– Jag lämnar det till presidenten att försöka lotsa Slovakien fram till fria och demokratiska val med en övergångsregering, sade Heger på söndagen inför ett samlat pressuppbåd.
Den 46-årige partiledaren för det konservativa partiet Vanligt folk, har lett landet sedan den 1 april 2021.