Soldaterna ingick i Afrikanska unionens fredsbevarande styrka.
Den extremistiska islamistgruppen al-Shabaab tros ligga bakom angreppet.
Attacken mot basen, som ligger omkring 16 mil nordöst om huvudstaden Mogadishu, inträffade i tisdags. Enligt ett uttalande från Burundis armé dödades tio soldater och 25 skadades medan fem saknas. Dessutom dödades 20 extremister.
Två militärkällor uppger för AFP att så många som 45 soldater dödades eller är saknade.
al-Shabaab säger sig ha tagit kontroll över basen och påstår att betydligt fler soldater dödats. Extremistgruppen genomför regelbundna attacker mot regeringen och fredsbevarande styrkor i Somalia.