Skyfall har pågått sedan början av månaden, och de anses förvärras på grund av det klimatpåverkande väderfenomenet El Niño.
Regnen följer dessutom på en lång period av torka, vilket ledde till både risk för hungersnöd i det östafrikanska landet och att uttorkad jord kan ha svårt att absorbera stora regnmängder.
Somalias informationsminister Daud Aweis säger att ytterligare 1,2 miljoner invånare kan komma att drabbas inom snar framtid. Den bekräftade dödssiffran är omkring 30 omkomna, men "antalet kan stiga".
Värst drabbade är regionerna Gedo i södra Somalia samt Hiran i mellersta delen av landet där floden Shabelle svämmade över flodbankar.
Även huvudstaden Mogadishu är mycket utsatt.
Grannländerna Kenya och Etiopien är också drabbade med både dödsoffer och många som flyr sina hem. Kenyas viktiga hamnstad Mombasa har varit delvis lamslagen på grund av regn och översvämningar.
FN:s humanitära organ Ocha har tidigare sagt att de pågående översvämningarna är sådana "som inträffar en gång per sekel" och att 1,6 miljoner invånare där direkt hotade.