– Regnet som väntas mellan den 21 och 24 november kan orsaka ytterligare översvämningar som kan leda till död och förstörelse, säger Mohamud Moalim Abdullahi, högste chef vid Somalias krisberedskapsmyndighet.
Han uppger att drygt 680 000 människor har tvingats lämna sina hem till följd av ovädret.
Skyfallen drog in över Afrikas horn i början av november och redan för en dryg vecka sedan hade en halv miljon människor i Somalia tvingats lämna sina hem. Då talade myndigheterna i landet om omkring 30 dödsfall.
FN:s humanitära organ Ocha bedömde i lördags att ovädret fått konsekvenser för 1,7 miljoner människor. Brittiska Rädda Barnen har rapporterat fler än 100 dödsfall allt som allt i Etiopien, Kenya och Somalia.
Ovädret bedöms ha blivit förvärrat av det klimatpåverkande väderfenomenet El Niño. Regnen följer på lång torka som varit den värsta på fyra årtionden, och som i sin tur har medfört risk för hungersnöd. Uttorkad jord absorberar inte regnvatten lika bra.
Humanitära organisationer larmar om att situationen sannolikt kommer att bli ännu värre på Afrikas horn, då El Niño väntas vara till åtminstone april nästa år. De vädjar till det internationella samfundet att agera omedelbart. Regionen är redan en av de som drabbas värst av klimatförändringarna på jorden.