Beslutet om avstängningen fattades av president Mohamed Abdullahi Mohamed. De två männen har de senaste dagarna grälat om bland annat den försenade och sköra valprocessen i det konflikthärjade landet.
"Presidenten har beslutat att stänga av premiärminister Mohamed Hussein Roble och häva hans befogenheter eftersom han har koppling till korruption", heter det i ett uttalande från presidentkansliet.
På måndagseftermiddagen meddelade premiärministern att han beordrat säkerhetsstyrkorna att ta order direkt från honom – något som anses trappa upp konflikten med presidenten ytterligare.
– Eftersom presidenten till synes har beslutat att förstöra statliga institutioner . . .beordrar jag alla somaliska nationella styrkor att lyda under premiärministerns kontor från och med i dag, säger Mohamed Hussein Roble på en presskonferens.
Frostigt i månader
Presidenten, allmänt kallad Farmajo, anklagar Roble för att ha lagt sig i en utredning om landövertagande. Men relationen mellan dem två har varit frostig i månader.
På söndagen klandrade Roble presidenten för att sabotera landets valprocess. Detta sedan Robles befogenheter att arrangera val dragits in och presidenten begärt att en ny valkommitté bildas.
Presidenten vill inte att "trovärdiga val" hålls, dundrade Roble.
I mitten av december anklagade även Farmajos motståndare i valet presidenten för att försöka manipulera valprocessen. De uppmanade sina anhängare att bojkotta valen.
Sköts upp
Den federala regeringen i Somalia är svag och landet har inte haft något egentligt fritt och demokratiskt val sedan inbördeskriget bröt ut 1991.
Indirekta parlamentsval skulle ha hållits 2020 men sköts upp på grund av maktstrider mellan det federala styret och ett antal delstater. I våras förlängde parlamentet presidentens mandat med två år, vilket ledde till våldsamma protester. Situationen lugnades något när en tidsplan för valprocessen presenterades, parlaments- och presidentval skulle börja hållas i juli.
Men även de sköts upp. I november inleddes dock de indirekta valet till parlamentets underhus.
Roble, som också är svensk medborgare, kom till Sverige 1992. År 2000 tog han en masterexamen i miljöteknik och hållbar infrastruktur på KTH i Stockholm. Hans examensarbete handlade om grundvattenkemi, han skrev om vattenledningsverk i Kalmar.