Bilal al-Sudani dödades tillsammans med runt tio andra terrorister när amerikanska specialstyrkor slog till mot ett grottkomplex i Somalias norra delar i onsdags.
"Handlingen gör USA och dess samarbetspartner säkrare och tryggare", säger försvarsminister Lloyd Austin i ett uttalande.
Insatsen skedde efter månader av planering där soldaterna övat i liknande terräng som de aktuella bergstrakterna. President Biden gav grönt ljus tidigare i veckan.
En försvarskälla uppger att målet egentligen var att tillfångata al-Sudani, men att det visade sig omöjligt när eldstrider bröt ut.
Inga civila dödades eller skadades enligt källan. En amerikansk soldat skadades däremot lindrigt när personen blev biten av en militärhund.
USA:s underrättelsetjänst har haft ögonen på al-Sudani i flera år. Han har enligt Austin spelat en nyckelroll genom att från sitt gömställe i bergen finansiera IS i både Afrika och Afghanistan.
Redan 2012 noterades han för sitt samröre med terroristerna i al-Shabab, som är verksamma i Somalia.