Två andra tullare som var ombord på helikoptern överlevde olyckan, meddelar fackföreningen för polisstyrkan Guardia Civil.
Olycksorsaken är än så länge oklar.
Den spanska sydkusten används ofta av narkotikasmugglare i snabba båtar för att ta in droger från Marocko – en stor cannabisproducent – till Europa.