Båda nattklubbarna, som låg vägg i vägg, hade av myndigheterna beordrats att stänga redan i januari 2022 men valde att inte stänga.
Utredningen ska undersöka om nattklubbsägarna misslyckats med att vidta lämpliga säkerhetsåtgärder, säger stadens högsta åklagare Jose Luis Diaz Manzanera till tidningen La Opinion de Murcia.
Om dödsfallen orsakades av oaktsamhet eller otillräckliga säkerhetsåtgärder kan de ansvariga riskera upp till nio års fängelse "eftersom det är ett fall som involverar ett stort antal dödsfall", säger han.
Varför branden bröt ut är ännu inte klarlagt.