Det är det andra försöket på ett dygn Under onsdagen var det 2 500 migranter som tillsammans sprang mot gränsen, och närmare 500 av dem tog sig över den. Det är oklart om någon lyckades under torsdagens försök.
"Vid klockan 7.25, efter att ha övervunnit de marockanska säkerhetsstyrkorna, började de hoppa över stängslet … kastade stenar och använde krokar och käppar mot säkerhetsstyrkorna", säger en talesperson för den spanska regeringens lokala delegation i ett uttalande.
Tidigare uppgifter gör gällande att fyra poliser skadades i försöket.
Melilla och Spaniens andra exklav i Nordafrika, Ceuta, har EU:s enda landgränser mot Afrika.