Beskedet gavs under ett tal inför regionala dignitärer i den katalanska huvudstaden Barcelona på måndagen.
En spänd tystnad rådde i det ikoniska operahuset Liceu när den socialdemokratiske premiärministern Pedro Sánchez tog till orda.
– Detta ger oss möjlighet att vända blad, sade premiärministern.
Så fort han tillkännagivit beslutet om benådningarna avbröts han av protestrop i salen från enstaka separatister.
– Vi befinner oss i ordets rum, alla åsikter är välkomna, sade Sánchez.
– Även om vi förstår motståndarnas argument har regeringen bestämt sig för att öppna en väg mot återförening.
Kritiker på båda sidor
Benådningarna av nio ledande separatister som sitter frihetsberövade till följd av Kataloniens utropande av självständighet från Spanien 2017 väcker heta känslor.
Enligt en nationell opinionsmätning från Ipsos som publicerades i förra veckan motsätter sig 53 procent av de tillfrågade benådningarna, medan endast 29 procent av de svarande är för.
Den 13 juni demonstrerade tiotusentals i centrala Madrid tillsammans med företrädare för högeroppositionen mot planerna på benådning. Kritikerna anser att beslutet innebär oacceptabla eftergifter gentemot de separatister som de menar hotar den spanska statens sammanhållning. De anklagar även Sánchez för att genom benådningar vilja säkra sin egen makt, eftersom hans minoritetsregering delvis är beroende av stöd från separatistpartier.
Ledaren för högerpartiet Partido Popular, Pablo Casado, går till hårt angrepp mot premiärministerns beslut att benåda "de som inte visat ånger och som dessutom hotar med att återupprepa" sina handlingar.
"Återuppta dialogen"
Av de tillfrågade i Katalonien är dock hela 68 procent positiva till beslutet att benåda fängslade separatister.
Av de katalanska separatister som motsätter sig benådningar anser många att en allmän amnesti i stället borde utfärdas för alla personer som dömts för sin inblandning i försöken att uppnå självständighet.
Sánchez har de senaste veckorna försökt att samla stöd för sitt beslut, som han menar är nyckeln till att övervinna det politiska dödläget.
– Konfrontationen har inte bidragit till att lösa några problem, sade Sánchez i sitt tal i Barcelona.
– Vi vill återuppta den politiska dialogen.
Djup kris
Beslutet om benådningarna väntas klubbas formellt under vid ett regeringsmöte på tisdag.
Krisen kring Katalonien har varit en dominerande fråga i spansk politik sedan 2017, då det dåvarande regionstyret genomförde en olagligförklarad självständighetsomröstning som präglades av våldsamheter då polisen ingrep.
Omröstningen följdes av en kortlivad självständighetsförklaring och utlöste en av Spaniens värsta politiska kriser de senaste decennierna.
2019 dömdes 12 katalanska politiker och aktivister för sin inblandning i självständighetsförsöken. De nio av dem som nu väntas benådas dömdes till fängelsestraff på mellan nio och tretton år, domar som utlöste omfattande protester runt om i Katalonien.