Beskedet kom på en pressträff med Spaniens försvarsminister Margarita Robles på tisdagen, där hon meddelade att man kommer att byta ut chefen Paz Esteban.
– Fullständig säkerhet existerar inte, vi har en serie säkerhetshot som blir stör för varje dag som går, sade Robles.
Esteban, som var den första kvinnliga CNI-chefen någonsin, ställdes i förra veckan till svars inför en parlamentskommitté till följd av den hackerskandal som dominerat spanska löpsedlar de senaste dagarna.
Där bekräftade hon att 18 katalanska separatister, bland dem regionpresidenten Pere Aragonès, hade avlyssnats av CNI, men underströk att detta skett efter domstolsbeslut.
Briserade i april
Skandalen briserade i april, när kanadensiska forskningscentret Citizen Lab avslöjade att telefoner tillhörande ett 60-tal personer med koppling till den katalanska separatiströrelsen hade lyssnats av med hjälp av spionprogramvaran Pegasus i kölvattnet efter den katalanska självständighetsomröstningen 2017.
Affären har inneburit en kris i relationen mellan premiärminister Pedro Sánchez och det katalanska separatistpartiet ERC. Sánchez , som leder en minoritetsregering, är beroende av ERC för att få igenom sina förslag i parlamentet.
Avlyssningsskandalen förvärrades ytterligare den2 maj, när det framkom att även Sánchez och försvarsministern fått sina telefoner hackade via det kontroversiella Pegasus.
Vem som ligger bakom dessa två intrång är ännu oklart.
Omtvistad programvara
Många politiker och andra framstående personer har drabbats av Pegasus de senaste åren. Det har använts av såväl regeringar som av olika länders polismakter. Programvaran har utvecklats av det israeliskt bolaget NSO Group och kan installeras på människors mobiltelefoner i det fördolda, varpå den börjar samla på sig information samt avlyssna mikrofon och kamera.
I juli förra året rapporterades att närmare 50 000 telefonnummer till aktivister, journalister och politiker runt om i världen kan ha övervakats med hjälp Pegasus. Bland dem som sades kunna ha utsatts fanns enligt medieuppgifter tre presidenter, tio premiärministrar och en kung.
NSO hävdar att företaget bara säljer till godkända kunder och att dessa i sin tur förbinder sig att enbart använda Pegasus i kampen mot terrorism eller grov brottslighet. Bland dessa godkända kunder finns dock sedan en tid tillbaka auktoritära stater som Azerbajdzjan, Förenade Arabemiraten, Kazakstan och Marocko.