Enligt hälsomyndigheter i Madrid har 23 misstänkta fall registrerats. Det finns indikationer på att samtliga smittats via sexuella kontakter, enligt myndigheterna.
– Samtliga är unga, vuxna män och de flesta av dem har sexuella relationer med andra män, säger Elena Andradas, hälsochef i Madrid.
Det är tidigare känt att apkoppor smittar via utandningsluften. De nya fallen tyder på att viruset även sprids via kroppsvätskor i samband med sexuella kontakter.
I Lissabonregionen i Portugal har 20 misstänkta fall upptäckts. Även här är samtliga smittade män, de flesta av dem unga.
Apkoppor smittar mellan djur och människa och förekommer i huvudsak i afrikanska regnskogar. Infektionen finns hos vilda apor men sprids ofta av gnagare.
Sjukdomsbilden påminner om smittkoppor men är lindrigare. Symptomen är utslag, feber, muskelvärk och frossa. De flesta blir friska inom några veckor.
Världshälsoorganisationen utreder ursprunget till utbrottet i Storbritannien.