Då återstår bara en månad tills de olympiska spelen är tänkta att invigas.
Nedstängningarna, som bland annat håller många barer stängda, var planerade att lättas på söndag. Men smittotalen fortsätter att vara höga i landet.
– Med tanke på läget anser vi att det är nödvändigt att förlänga undantagstillståndet, säger Yasutoshi Nishimura, den minister som ansvarar för covidhanteringen i landet.
Under rådande regler får idrottsarenor ta emot som mest 5 000 åskådare, eller som mest ha halvbesatta läktare, men ännu har inget beslut tagits om åskådare ska tillåtas på OS-tävlingarna.
Bara drygt sex procent av japanerna har fått en första dos vaccin och premiärminister Yoshihide Suga har fått hård kritik för hur regeringen hanterat pandemin.