Fartyget skulle egentligen ha anlänt förra veckan, men de lankesiska myndigheterna bad Peking att skjuta upp besöket efter invändningar från Indien, som delar västerländsk oro över Kinas aktiviteter i regionen.
Men i lördags, efter intensiva förhandlingar, kom Colombo med en helomvändning och sade att tillstånd hade beviljats för fartyget att lägga till i Hambantota och stanna där i sex dagar.
Yuan Wang 5 beskrivs som ett forskningsfartyg, men indiska medier påstår att det även fungerar som ett spionfartyg. Fartyget fick tillstånd att gå in på lankesiskt vatten under förutsättning att ingen forskning skulle utföras där.