Uppgörelsen rör även utbyte av säkerhetsinformation och underrättelseuppgifter. Anledningen är "utmaningar i regionen", vilket är en lätt förtäckt hänvisning till Kinas växande inflytande i Stilla havsregionen.
– Vi hade rättframma samtal om att stärka det strategiska partnerskapet mellan våra länder, sade Kishida efter mötet med Ardern.
I ett gemensamt uttalande konstaterade de två ledarna att "ett öppet och fritt Stilla havsområde" är av avgörande betydelse.
Samarbetsplanerna ses också som en reaktion till det militära samarbete som Australien, Storbritannien och USA kommit överens om, kallat Aukus. Även det samarbetet, som kungjordes i september i fjol, är en direkt konsekvens av Kinas förändrade utrikespolitik.
Men flera länder, bland annat Frankrike, reagerade kritiskt mot Aukus-samarbetet.
Dessutom finns ett underrättelsesamarbete mellan Nya Zeeland, Australien, USA, Kanada och Storbritannien, kallat Fem ögon. Japan ingår inte i gruppen men anses få ökad insyn genom torsdagens avtal.