Männen – 19, 20, 21 och 33 år gamla – greps inom lagarna för terrorlagstiftningen, uppger polis.
– Dessa gripanden utgör höjdpunkten på en detaljerad, tvåårig utredning av mordet på Lyra och de händelser som föregick det, säger poliskommissarie Jason Murphy.
McKee sköts i huvudet vid kravaller i Londonderry i april 2019. Gruppen Nya IRA – en av få som motsätter sig det så kallade Långfredagsavtalet från 1998 – har tagit på sig skulden för dödsskjutningen och bett om ursäkt. Gruppen har hävdat att skytten siktat på en polis men råkade träffa McKee.
En 52-årig man har tidigare anklagats för inblandning i dödsskjutningen, men polis säger att fler än en person deltog.
Långfredagsavtalet var en fredsöverenskommelse som slöts mellan Storbritanniens och Irlands regeringar. Detta efter åratal av upplopp och våldsamheter mellan Londontrogna unionister och Irlandsvänliga republikaner.