Regeringen gjorde sitt bästa, men "hade fel på vissa punkter", erkänner han i en utfrågning i parlamentets utredning av hanteringen av coronapandemin.
Boris Johnson resonerar att en ojämn könsbalans bland hans medarbetare var en akilleshäl.
– Jag tror att ibland under pandemin var för många möten mansdominerade, konstaterar han enligt brittiska medier.
Han inledde med att be om ursäkt till anhöriga till alla som drabbades av pandemin "för smärtan, förluster och lidandet".
Flera personer reste sig i salen medan han talade och höll upp skyltar med texten "De döda kan inte höra dina ursäkter", men eskorterades sedan ut av säkerhetspersonal.
– Oundvikligen – medan vi hanterade en mycket mycket svår pandemi där vi var tvungna att överväga fruktansvärda skador oavsett vilket beslut vi fattade – kan vi ha begått misstag, säger Johnson.