Regeringens Skottlandsminister Alister Jack kommer under tisdagen att lägga fram ett förslag till ett veto, rapporterar BBC. Jack motiverar i ett uttalande beslutet med att lagen har för stor påverkan på brittiska jämställdhetslagar.
Regeringens beslut väcker starka känslor och Skottlands ledare Nicola Sturgeon (SNP) varnade London för att gå emot den skotska viljan, redan innan beslutet kom.
– Vi kommer att försvara lagen i högsta domstolen, sade Sturgeon på en presskonferens inför regeringsbeslutet i London.
Enligt den skotska lagen får personer från 16 år ändra sin könsidentitet på pass och id-handlingar. För myndiga krävs en vänteperiod på två månader innan ändringen görs, medan det krävs tre månader för den yngre gruppen.
Men även delar av skotska nationalistpartiet SNP motsatte sig lagändringarna.
Den konservativa regeringen i London hade till på onsdagen att besluta om man skulle motsätta sig den skotska lagen, och regeringen sökte juridisk rådgivning inför beslutet som kom redan på måndagen, rapporterar BBC.
London kan stoppa skotska lagförslag om de motverkar existerande legala ramverk, enligt ett beslut från 1999 i samband med att det skotska parlamentet inrättades. Fram till nu har det dock aldrig skett.