Anledning är att en av de anläggningar – Hope Hostel i huvudstaden Kigali – som skulle fungera som boende under asylprocessen bara har plats för 200 personer.
Därmed kan Rwanda inte hantera mer än en femtedel av de 1 000 asylsökande som skulle tas emot i den första omgången.
– Vi tittar på att utveckla infrastrukturen, och vi har identifierat andra möjligheter när det gäller boende, säger Yolande Makolo, talesperson för den rwandiska regeringen, enligt Evening Standard.
Makolo uppger, utan att ge detaljer, att regeringen "snabbt kan skala upp" mottagandet.
Storbritannien tillkännagav uppgörelsen med Rwanda i april. Premiärminister Boris Johnson presenterade det som ett sätt att avskräcka människor från att riskera sina liv genom att betala människosmugglare för riskabla båtfärder.
Enligt Evening Standard är avtalet för 1 000 asylsökande värt 120 miljoner pund, motsvarande nästan 1,5 miljarder kronor.
Ett första flyg i det kontroversiella samarbetet skulle ha avgått från London till Kigali i mitten av juni. Men det stoppades efter många turer och överklaganden slutligen av Europadomstolen.