Avtalet med den brittiska tronarvingen ska ha ingåtts 2020, enligt domstolsdokument.
Uppgifterna om avtalet har framkommit i samband med att Williams bror prins Harry har stämt Murdochs bolag News Group Newspapers (NGN) i ett fall som tas upp i en domstol i London nu i veckan.
Detaljer om summans storlek framgår inte av domstolsdokumenten. Prins William har valt att inte kommentera ärendet.
Prins Harry har stämt NGN för telefonavlyssning och intrång i privatlivet och hävdar att tidningarna The Sun och numera nedlagda News Of The World har gjort sig skyldiga för dessa brott sedan mitten av 1990-talet.
NGN menar att kraven från prins Harry kommer för sent. Men prinsen och hans advokater hänvisar till ett hemligt avtal mellan NGN och den brittiska kungafamiljen som har bidragit till att stämningen inte har kommit tidigare.
Prins Harry ska ha fått kännedom om avtalet 2012 och det skulle hindra kungligheterna att driva rättsliga anspråk mot NGN tills övriga processer om telefonhackning var avslutade – och då skulle de få en ursäkt, enligt BBC.
Enligt honom ska avtalet ha ingåtts med hänsyn till kungafamiljens anseende – för att undvika en situation i rätten där man blir tvingad att berätta om privata telefonsamtal som blivit hackade.
NGN hävdar att det inte funnits något sådant avtal.