Sedan Merkel tillträdde posten 2005 har hon besökt Storbritannien 22 gånger.
– Under Merkels 16 år som förbundskansler har relationen mellan Storbritannien och Tyskland fått ny kraft och nytt liv för en ny era, säger Boris Johnson på en presskonferens.
Under Johnson och Merkels möte diskuterades bland annat relationen mellan Storbritannien och EU, brexitavtalets regler för handel i Nordirland och oron för spridning av deltavarianten av coronaviruset i samband med fotbolls-EM.
Merkel önskade även Englands landslag lycka till i EM efter vinsten i åttondelsfinalen mot Tyskland i tisdags.
Den 66-årige Angela Merkel avgår som förbundskansler efter förbundsdagsvalet i september.