En person avled på måndagen efter söndagens protester, enligt organisationen som kontinuerligt rapporterar om skadade och döda när säkerhetsstyrkor attackerar demonstranter.
Ytterligare ett dödsfall rapporterades på tisdagen. En 28-årig man uppges ha dödats vid protesterna "med en skottskada i huvudet".
Omkring 125 personer skadades, främst av tårgas.
Gruppvåldtäkter
Kaos uppstod i sammandrabbningar mellan säkerhetsstyrkor och demonstranter. Sudans hälsodepartement uppgav tidigt att minst två kvinnor blivit våldtagna. FN har blivit informerade om minst 13 fall där kvinnor berättat att de våldtagits av en eller flera gärningsmän, meddelar Liz Throssell, talesperson för FN:s högkommissarie för mänskliga rättigheter i Genève.
"Vi har också tagit emot anklagelser om sexuella trakasserier från säkerhetsstyrkor mot kvinnor som försökte fly området vid presidentpalatset på söndagskvällen", tillägger Throssell i ett uttalande, där det ställs krav om en grundlig utredning.
Säkerhetsstyrkor valde hårda metoder när de försökte skingra protester i huvudstaden Khartums tvillingstad Omdurman. De två städerna ligger på var sin sida om Nilen, och Omdurman har blivit ett centrum för protester mot kuppledarnas regim.
Omkring 1 000 demonstranter samlades i Omdurman på söndagen, medan militär hade spärrat av broar som förbinder de två städerna, för att undvika att protesterna växte.
Protest mot junta
Proteströrelsen, som består både av partier och grupper ur civilsamhället, demonstrerar mot generalen och kuppledaren Abdel Fattah al-Burhan, som grep makten i slutet av oktober.
Premiärminister Abdalla Hamdok, som då placerades i husarrest, släpptes efter några veckor och återinstallerades som regeringschef. Hans makt anses dock vara helt inskränkt, då kuppledaren kontrollerar de styrande organen.