Uttalandet kommer i samband med att ett tre dygn långt eldupphör sedan midnatt gäller mellan de stridande parterna i Sudan.
Enligt Laura Lo Castro, FN:s flyktingorgans representant i Tchad, har omkring 20 000 flyktingar redan anlänt till landet. Hon tillägger att organisationen förväntar sig upp till 100 000 personer "i värsta fall".
Enligt Marie-Helene Verney, som arbetar för FN:s flyktingorgan i Sydsudan, är det mest sannolika scenariot att "125 000 sydsudanesiska flyktingar återvänder till Sydsudan, tillsammans med ytterligare 45 000 flyktingar."