FN:s särskilde sändebud för Sudan, Volker Perthes, fördömer dödandet av de tre anställda och säger att "civila och biståndsarbetare inte ska vara mål".
Det är oklart om de tre dödsoffren är bland de sammanlagt 56 civila som hittills dödats i de senaste dagarnas oroligheter och som läkarorganisationen CCSD rapporterat om. Utöver det ska ett stort antal soldater och RSF-medlemmar ha dödats.
"Har levt i skräck"
Vägarna runt Khartum har stängts av tillsammans med större broar. I sociala medier delar folk bilder av kulhål i väggar och uppmaningar att hålla sig inne, något även armén och RSF upprepat.
Farouq Hassan håller ändå sitt bageri öppet.
– Vi försöker få allt att funka och gå ihop trots att strömmen och vattnet är avstängda.
Han är rädd för att utdragna strider kommer att driva det redan ekonomiskt sargade Sudan in i en än djupare kris.
– Om jag inte kan fylla på med mjöl kommer mitt förråd att vara slut inom 48 timmar.
43-åriga Sanaa Mohamed väcktes av striderna på lördagen.
– Vi har levt i skräck sedan i går. Explosionerna skrämde slag på mina barn, berättar hon när hon snabbt vågat sig ut för att köpa bröd.
Både armén och RSF säger sig ha tagit kontroll över strategiskt viktiga platser i Khartum och andra delar av landet, uppgifter som inte kunnat kollas av oberoende källor.
Trots växande tryck från omvärlden visar ingen sida tecken på att vilja förhandla.
Uppmaningar till eldupphör
USA:s utrikesminister, FN:s generalsekreterare, liksom ledarna för Arabförbundet och Afrikanska unionen har alla uppmanat sidorna att avbryta striderna. FN:s säkerhetsråd, som är oenigt om flera andra kriser i världen, uppmanade till ett omedelbart eldupphör och återgång till dialog.
2021 genomfördes en RSF-stödd militärkupp i landet. Parterna har sedan dess samarbetat med intentionen att RSF skulle integreras i den reguljära armén.
Efter lördagens strider kräver nu armén i stället att RSF upplöses, vilket spär på oron för ett nytt inbördeskrig.
Svenska utrikesdepartementet utfärdade på lördagskvällen en reseavrådan till Sudan på grund av oroligheterna i landet.