Striderna har rasat i landet sedan i mitten av april då arméchefen, landets ledare Abdel Fattah al-Burhan, och den paramilitära milisen RSF (Rapid support force) som styrs av general Mohamed Hamdan Dagalo, drabbade samman.
Den senaste av flera överenskommelser om eldupphör gav invånarna ett andrum efter närmare två månader av krig, och de fick möjlighet att ta sig ut och skaffa mat och andra nödvändiga varor. Men bara tio minuter efter att eldupphöret tog slut klockan 06 på söndagen hördes återigen skottlossning och sammandrabbningar i staden, uppger vittnen för AFP.
Lugnet under det ett dygn långa eldupphöret var "som en dröm" som försvann, säger Nasreddin Ahmen som bor i Khartoum och väcktes av striderna.
Asmaa al-Rih som bor i en förort norr om huvudstaden beklagar "terrorns återkomst", med "raketer och granater som skakar husväggarna" igen.
Uppemot 1 800 människor har dödats i den senaste tidens strider i Sudan, enligt organisationen Armed conflict location and event data (Acled).
Närmare två miljoner människor har tvingats lämna sina hem, bland dem 476 000 som har sökt skydd i grannländer, enligt FN.