Han säger att militären inte kommer att delta i samtalen för att "ge utrymme åt politiska och revolutionära styrkor samt andra falanger" att bilda en civil regering. Beskedet kommer efter en fem dagar lång sittstrejk i huvudstaden Khartum.
Vidare säger al-Burhan att militären "inte kommer att stå i vägen" för en demokratisk övergång.
Det var i oktober i fjol som den sudanesiska militären avsatte den civila regeringen och tog makten i det nordafrikanska. Sedan dess har våldsamma protester skakat landet och över 100 personer har mist livet i oroligheterna.
Sedan i mars har FN, Afrikanska unionen och det regionala samarbetsorganet Igad försökt lösa konflikten och den 29 maj hävde militärjuntan undantagslagarna som hade varit i kraft i landet.
Men samtalen har hittills gått på tomgång, eftersom civila grupperingar har bojkottat dem och krävt att militären ska lämna över till ett demokratiskt, civilt, styre.