90 procent är kvinnor eller barn. Flyktingvågen innebär utmaningar för landet som är ett av världens fattigaste och som de senaste tio åren skakats av oroligheter.
Priserna på förnödenheter har drivits upp och UNHCR oroas över de 120 000 personer i norra delen av landet som är i behov av nödhjälp.
Över 100 000 människor har tvingats på flykt från stridigheterna i Sudan, varav tre av fyra fortfarande befinner sig i landet. Omkring 20 000 har korsat gränsen till Tchad, 4 000 till Sydsudan och 3 500 till Etiopien, enligt UNHCR.