Även den tidigare försvarsministern Abdel Rahim Muhammad Hussein och andra tjänstemän ska, enligt uppgifterna, ha flyttats till sjukhuset i Khartum innan RSF stormade det fängelse där han satt fängslad.
Sedan striderna bröt ut i Sudan har det rått motstridiga uppgifter om var al-Bashir har befunnit sig.
Från RSF:s sida har man också förnekat att man skulle att ha stormat fängelset och istället anklagat regeringsarmén för att ha flyttat al-Bashir som en del av en plan för att återinstallera honom vid makten.
Omar al-Bashir har suttit fängslad sedan den förra regeringen gemensamt störtats av armén och RSF under ett folkligt uppror 2019.