Det sade president Cyril Ramaphosa vid en statlig minnesceremoni för de Klerk som avled i förra månaden, 85 år gammal.
– FW de Klerk gick emot många i sitt eget parti, och mot många vita sydafrikaner, sade Ramaphosa men tillade:
– Även när han gick in i förhandlingar, var han orolig för ett majoritetsstyre.
de Klerk delade 1993 Nobels fredspris med Nelson Mandela för sin roll i avskaffandet av apartheid. På sin dödsbädd bad han om ursäkt för apartheidpolitiken.
Expresidenten begravdes i förra månaden vid en privat ceremoni. Regeringen befarade att en statsbegravning för en tidigare apartheidledare – även en som bidragit till systemets avskaffande – skulle leda till protester. I stället deklarerades fyra dagars landssorg.