Matongo var på väg hem efter att ha kampanjat med president Cyril Ramaphosa i Soweto inför kommande lokalval när olyckan inträffade.
"Det är svårt att ta in den här tragedin med tanke på vilken kraft och passion borgmästare Matongo hade interagerat med mig och invånarna i Soweto så kort före sin död", skriver presidenten på Twitter.
"Inget kunde förbereda oss på den här plötsliga förlusten, som har berövat vårt finansiella centrum dess andra borgmästare på två månader".
Matongos föregångare dog i covid-19 i juli, Matongo valdes in i augusti.