"Jag har ofta anklagats av kritiker för att jag på ett eller annat vis fortsatt att rättfärdiga apartheid, eller separat utveckling, som vi senare föredrog att kalla det (rasåtskillnadssystemet reds anm)", säger de Klerk i videon, som återges av flera medier bland andra news24 och nyhetsbyrån AFP.
– Det är sant att jag i min ungdom försvarade separata system. Men senare har jag vid flera tillfällen bett om ursäkt till det sydafrikanska folket för den smärta och förödmjukelse som apartheid innebar för människor med färg i Sydafrika. Många har trott på mig, andra inte, konstaterar han i hälsningen.
Frigav Mandela
Tidigare under dagen meddelade den stiftelse som bär expresidentens namn att de Klerk avlidit fridfullt i sitt hem i Kapstaden på torsdagsmorgonen.
Frederik Willem de Klerk, som var hans fullständiga namn, är en viktig person i Sydafrikas moderna historia.
Det var han som under ett berömt tal i parlamentet den 2 februari 1990 tillkännagav att världens mest kända politiska fånge – Nelson Mandela – skulle friges efter att ha hållits fängslad av regimen i 27 år.
Samtidigt hävde de Klerk förbudet mot befrielserörelsen ANC och andra anti-apartheidgrupper. En tilltagande internationell isolering av Sydafrika tillsammans med en ny världsordning där kalla kriget avslutats brukar vara några av de skäl som anges när den historiska sydafrikanska omsvängningen ska förklaras.
Den tid som följde blev orolig och stundtals våldsam men i april 1994 kunde de första demokratiska valen hållas i Sydafrika, och ANC vann en jordskredsseger.
Nelson Mandela tillträdde som landets första demokratiskt valda president. Han ledde inledningsvis en samlingsregering som bestod av ANC och de Klerks parti Nationalistpartiet. I regeringen fick de Klerk posten som en av två vicepresidenter. Konstruktionen (som varade i två år) var ett resultat av långa och stundtals plågsamma förhandlingar.
Nobels fredspris
Många nyckelpersoner var inblandade i att övergången till demokrati ändå blev förhållandevis fredlig – trots att landet vid några tillfällen stod på randen till ett inbördeskrig.
Men det hade knappast kunnat genomföras om inte FW de Klerk och Nelson Mandela hade visat varandra ömsesidig respekt.
De båda tilldelades Nobels fredspris 1993.
Expresidenten säger i sin avskedsvideo att han både personligen och i sin egenskap som tidigare ledare av Nationalistpartiet ber om ursäkt för apartheid.
Sydafrikas nuvarande president Cyril Ramaphosa säger i sin kondoleanshälsning till de Klerks änka att beskedet om den tidigare ledarens död "inspirerar oss alla att reflektera över vår demokratis födelse".
FW de Klerk avled i följderna av lungsäckscancer. Han blev 85 år gammal.
Rättad: I en tidigare version fick ANC en felaktig bokstavsbeteckning.