De gripna är mellan 20 och 35 år gamla och tros ha använt sig av en pickup för att frakta bort krokodilen från gården.
Djuret, som uppskattas vara värt motsvarande drygt 13 000 kronor, hittades bundet med rep och vajer i en övergiven byggnad. Krokodilen var enligt polisen täckt med trädgrenar i ett försök att gömma den.
Utredningen kring hur gärningsmännen fått ut krokodilen från gården där den hörde hemma pågår fortfarande.
– Hur smög de ut det här djuret? Det är inte på något sätt en krokodilbebis, säger Adele Myburgh vid polisen.
Krokodilen, som när den hittades var mycket uttorkad, har återlämnats till sin rättmätiga ägare, enligt polisen.
Tjuvjakt är ett problem i Sydafrika, men brottet riktas normalt sällan mot just krokodiler, eftersom de är mycket farliga.