Sydafrikas regering kallar samtidigt Israels bombningar över Gazaremsan för ett "folkmord".
Regeringen hotade också med åtgärder mot den israeliska ambassadören i Sydafrika på grund av hans uttalanden om det afrikanska landets inställning till Israel–Hamas-kriget. Men inga ytterligare detaljer lämnades om uttalandena, mer än att den israeliska ambassadörens position i landet är "ohållbar".
Kriget bröt ut efter att den terrorstämplade gruppen Hamas brutalt attackerade Israel den 7 oktober och dödade över 1 400 människor och tog runt 200 personer som gisslan.
En israelisk militäroffensiv mot Gaza – där Hamas styr – inleddes efter dådet och enligt det Hamasstyrda hälsodepartementet har den israeliska vedergällningen hittills resulterat i 10 000 döda.
Avsikten med hemkallningen av diplomaterna är att "hålla samråd", enligt Khumbudzo Ntshavheni, minister vid det sydafrikanska presidentkansliet.
Sydafrika har flera gånger genom historien uttryckt stöd för den palestinska sidan i konflikten i Mellanöstern. Landets styrande regeringsparti ANC har dragit paralleller till sin egen historiska kamp mot den sydafrikanska rasåtskillnadspolitiken, apartheid.
– Vi är... extremt oroade över det fortsatta dödandet av barn och oskyldiga civila i de palestinska territorierna och vi tror att reaktionen från Israel har blivit en kollektiv bestraffning, sade den sydafrikanska utrikesministern Naledi Pando i samband med att hon på måndagen höll en gemensam pressträff med sin besökande ukrainske kollega Dmytro Kuleba.