De senaste dygnen har över 20 dödsfall rapporterats, alla i landets centrala och sydöstra delar, uppger landets inrikes- och säkerhetsdepartement.
Det finns också rapporter om flera skadade och saknade.
Sydkorea har drabbats av kraftiga regn sedan den 9 juli. I staden Gongju i Södra Chungcheong-provinsen, som fått mest nederbörd, har mer än 600 millimeter regn fallit sedan dess.
Enligt myndigheterna har nästan 5 000 personer tvingats att evakuera sina hem och tusentals hushåll lämnats utan ström under den gångna veckan.
Ovädret har även stor påverkan på trafiken. Flera flyg- och tågavgångar har ställts in och vägar har stängts av.
Sydkoreas motsvarighet till SMHI räknar med att vissa delar av landet kommer att fortsätta få stora regnmängder fram till söndag.
Landets president Yook Suk Yeol har gett order om att mobilisera alla tillgängliga resurser för att hantera katastrofen, enligt hans presidentkansli.