Vägar förvandlas till chokladfärgade floder och minst en person har dött av stormens framfart norrut.
300 millimeter regn föll i östra och södra delarna av landet när stormen tog sig in över fastlandet under torsdagsmorgonen, lokal tid. Khanun är nu på väg mot tätbefolkade områden vid huvudstaden Seoul, där häften av landets 51 miljoner människor bor.
Över 16 000 personer, främst i de södra regionerna, har evakuerats och räddningspersonal har ryckt ut på larm om jordskred, översvämmade hem samt stigande vattendrag. Strömmen har gått i 40 000 bostäder.
Hundratals motorvägar, gator och parker har stängts och myndigheterna har skickat ut varningsmeddelanden via sms som varnar för tyfonens faror.
Tidigare i veckan ledde stormvarningar till att man avbröt det internationella scoutlägret som samlat tiotusentals scouter, däribland 2 200 svenskar, i sydkoreanska Saemangeum. Deltagarna evakuerades till Seoul.