Läget är allvarligt för många av dem som tvingats fly sina hem, enligt FN-organet OCHA.
Värst drabbade är de två provinserna Unity och Jonglei, och OCHA varnar för att fortsatta regn och översvämningar de närmaste veckorna.
Ett av de svåraste problemen för FN-organet är att nå fram till nödställda. "De flesta områdena kan inte nås via vägar", skriver OCHA.
Sydsudan drabbades också av svåra översvämningar för ett år sedan. Omkring 700 000 invånare tvingades då lämna sina hem, och närmare 100 000 av dem har ännu inte kunnat återvända.
Sydsudan har 11 miljoner invånare. Fyra av fem invånare beräknas leva i "absolut fattigdom" enligt Världsbanken. Inbördes strider i det unga landet som fick sin självständighet från Sudan 2011 tros dessutom ha kostat 400 000 människor livet.